Türkiye için Yeni Bilgi Toplumu Teknolojileri
BTT-TÜRKİYE
Biyoenformatik
Biyoenformatik Araştırma Grubu Bilkent Biyoenformatik Merkezi ve biyomedikal araştırma
grubundan oluşmaktadır. Bilkent Biyoenformatik Merkezi 2000 yılında BÜ-BM ve BÜ
Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümleri öğretim üyelerince kurulmuş,
patika enformatiği ve biyomedikal mühendislik kapsamında moleküler biyoloji,
bilişim görselleme, çizge algoritmaları, veritabanı sistemleri ve
biyomedikal sinyal işleme uzmanlık alanlarında araştırma yapan bir
merkezdir. Biyolojik patikaların analizi, görsellenmesi, sorgulaması,
entegrasyonu, hızlı bilgi erşimi, çok büyük boyutlarda
veri yorumu, hasta gen tanısı ve ilaç geliştirilmesi gibi alanlarda
yararlı olacaktır. Grup, patika entegrasyonu ve analizi için halka
açık web-tabanlı PATİKA adında bir yazılım
ortamı geliştirmiştir. Halka açık diğer veritabanlarından
veri akışı sağlandığında, şu anda 200 civarında
kayıtlı kullanıcısı olan PATİKA’nın kullanım oranı
çok daha büyüyecektir. Ayrıca, biyolojik patika verilerinda kullanılacak
standart bir veri değiş-tokuş formatı yaratmak için, grup, BioPAX
projesine de katkıda bulunmaktadır.
Biyomedikal sistemlerin karmaşıklığı, doğrusal olmaması,
zamanla ve parametreyle değişmeleri nedeniyle, bu sistemlerin incelenmesinde
modelleme ve simulasyon hep büyük rol oynamıştır.
Nöro-kardiyovasküler system (NKVS)’de böyle bir geribeslemeli
sistemdir ve zamanla değişen, doğrusal olmayan bir çok
eleman içermesine ek olarak doğrusal olmayan sinir geribesleme
çevrimlerine haizdir. NKVS için bir çok model ve simulasyon
teknikleri geliştirilmesine rağmen, bunlar dağınık
bir şekilde çeşitli kurumlarda bulunmakta, araştırmacılar
tarafından rahatlıkla ulaşılabilecek ortak bir kaynak ortam
bulunmadığından çok sayıda gereksiz iş tekrarı
olmaktadır. Bu nedenlerle, Grup uzun vadede, NKVS modelleme ve simulasyonu
için web-tabanlı bir portal ortam oluşturmayı amaçlamaktadır.
Portal NKVS verileri için, kullanıcılarca uzatılabilen, bir
kütüphaneye, bileşen ve bloklara sahip olacak ve yeni model ve
bileşenlerin eklenmesinde ortak ve standart bir yöntem kullanılacaktır.
Bilgisayar ve gerekli yazılım alımlarıyla güçlendirilecek
şimdiki altyapı bu amaç için kullanılacaktır.
Biyoenformatik Araştırma Grubunda yer alan öğretim üyeleri
Uğur Doğrusöz, Ziya İder, Cevdet Aykanat ve Özgür Ulusoy’dur.