Türkiye için Yeni Bilgi Toplumu Teknolojileri
BTT-TÜRKİYE

Biyoenformatik


Biyoenformatik Araştırma Grubu Bilkent Biyoenformatik Merkezi ve biyomedikal araştırma grubundan oluşmaktadır. Bilkent Biyoenformatik Merkezi 2000 yılında BÜ-BM ve BÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümleri öğretim üyelerince kurulmuş, patika enformatiği ve biyomedikal mühendislik kapsamında moleküler biyoloji, bilişim görselleme, çizge algoritmaları, veritabanı sistemleri ve biyomedikal sinyal işleme uzmanlık alanlarında araştırma yapan bir merkezdir. Biyolojik patikaların analizi, görsellenmesi, sorgulaması, entegrasyonu, hızlı bilgi erşimi, çok büyük boyutlarda veri yorumu, hasta gen tanısı ve ilaç geliştirilmesi gibi alanlarda yararlı olacaktır. Grup, patika entegrasyonu ve analizi için halka açık web-tabanlı PATİKA adında bir yazılım ortamı geliştirmiştir. Halka açık diğer veritabanlarından veri akışı sağlandığında, şu anda 200 civarında kayıtlı kullanıcısı olan PATİKA’nın kullanım oranı çok daha büyüyecektir. Ayrıca, biyolojik patika verilerinda kullanılacak standart bir veri değiş-tokuş formatı yaratmak için, grup, BioPAX projesine de katkıda bulunmaktadır.

Biyomedikal sistemlerin karmaşıklığı, doğrusal olmaması, zamanla ve parametreyle değişmeleri nedeniyle, bu sistemlerin incelenmesinde modelleme ve simulasyon hep büyük rol oynamıştır. Nöro-kardiyovasküler system (NKVS)’de böyle bir geribeslemeli sistemdir ve zamanla değişen, doğrusal olmayan bir çok eleman içermesine ek olarak doğrusal olmayan sinir geribesleme çevrimlerine haizdir. NKVS için bir çok model ve simulasyon teknikleri geliştirilmesine rağmen, bunlar dağınık bir şekilde çeşitli kurumlarda bulunmakta, araştırmacılar tarafından rahatlıkla ulaşılabilecek ortak bir kaynak ortam bulunmadığından çok sayıda gereksiz iş tekrarı olmaktadır. Bu nedenlerle, Grup uzun vadede, NKVS modelleme ve simulasyonu için web-tabanlı bir portal ortam oluşturmayı amaçlamaktadır. Portal NKVS verileri için, kullanıcılarca uzatılabilen, bir kütüphaneye, bileşen ve bloklara sahip olacak ve yeni model ve bileşenlerin eklenmesinde ortak ve standart bir yöntem kullanılacaktır. Bilgisayar ve gerekli yazılım alımlarıyla güçlendirilecek şimdiki altyapı bu amaç için kullanılacaktır.

Biyoenformatik Araştırma Grubunda yer alan öğretim üyeleri Uğur Doğrusöz, Ziya İder, Cevdet Aykanat ve Özgür Ulusoy’dur.